Si, eso es lo que hago.
Tengo una aplicación realizada en GAMBAS en un Ubuntu 12.04 que se comunica con el arduino a traves de usb.
Tengo abierto ambas aplicaciones, Arduino IDE y Gambas. Voy comprobando resultados en uno y otro a la vez, pero he comprobado que si cierro el serial monitor de arduino, dejan de comunicarse ambas aplicaciones. Lo que no debería ser... y no lofro entender por qué reaccionan así.