En proteus el GND siempre esta disponible para todos los módulos Arduinos.
De igual modo no hace falta alimentar con 5V.
Los .hex quedan en carpetas diferentes, no es posible que generen dolor de cabeza.
Y en particular estos módulos que muestra @victorjam mantienen la ruta usada asi que si los IDE permanecen abiertos os archivos temporales no se pierden y uno estara en una carpeta UNO y el otro en una carpeta NANO