Aspetta un attimo. Lo sketch non può essere eseguito da SD, lo sketch deve sempre risiedere su Flash per essere eseguito dal microcontrollore.
Questo è un punto che deve essere chiaro.
In alternativa, se i compiti da eseguire sono semplici, puoi pensare a Bitlash:
http://bitlash.net/wiki/start
Bitlash è un interprete che risiede su Flash in un 328 o Arduino e può eseguire degli script (lunghi anche centinaia di kB) che risiedono su una SD da cui legge i comandi e li interpreta