BigByte:
Ottimo grazie, è già un buon punto di partenza, non so ancora come risolvere la lettura della SD, perché l'arduino da programmare è proprio quello con il GPRS... :~, per ora inizierò a testare il bootloader.
come? allora lo sketch arriva sulla scheda da programmare che riprogramma la scheda SD su cui è appoggiato il proprio sistema? XD
la cosa migliore se proprio e usare un transistor e una scheda sd, quando arriva il segnale gprs (sull'arduino programmatore) stacca dalla corrente l'arduino da programmare, prende la sua scheda sd, la modifica e si stacca dalla sd quindi avvia nuovamente l'arduino da programmare.
così puoi usare il bootloader che legge da sd 
o almeno se ho capito bene lo sketch risiede semrpe su sd, oppure viene portato su flash? 