¿Los bits más significativos están en 1? Mirá que tonto fui 
Esta línea:
PORTK = 15;
Debería ser así:
PORTK = 255;
Al menos viendo los cuatro primeros de derecha a izquierda verás el estado de los cuatro canales; el resto se ignora...
Viendo los datos recompilados:
11100010 - 11678
11110000 - 11778
11100100 - 28691
11100000 - 28791
11111000 - 47413
11110000 - 47513
11110001 - 350288
11110000 - 350389
Se evidencia que:
- Todos los pulsos son válidos. En todos los casos se tardó 100 o 101 milisegundos entre flancos.
- Solo un canal se activó en un momento dado; no dos como aparecía en el analizador lógico.
En conclusión: se puede decir que la interfaz funciona como se esperaba.
Y ahora la pregunta: ¿tienes lo necesario para avanzar en el proyecto o crees que todavía te falta algo?