Figurati, se sono ben poste e semplici è facile rispondere 
1 - ok
2 - quei led dovrebbero andare benissimo, il data-sheet riportato in basso parla di 3,2V e 20mA, quindi devi adottare per ogni led una R = (5-3,2V) / 0.02A = 90 ohm, meglio da 100 ohm così perdi poca luminosità ma allunghi di molto la vita del led. Come potenza della R va più che bene la classica ¼W.
3 - i circa 150 mA totali, poiché sono ripartiti tra 8 pin del micro sono compatibili con le specifiche del micro (max 200mA) e non richiedono alcun transistor; diverso sarebbe il caso se tu decidessi di metterli in parallelo su un unico pin, allora ti servirebbe un transistor ma sappi che basterebbe un banalissimo tipo plastico TO92, ovviamente scelto opportunamente, alcuni arrivano fino a 800mA.
4 - sulla millefori i componenti li puoi posizionare per il minor ingombro possibile, replicare la bread ti fa perdere molto spazio; dopo il posizionamento usi il filo per collegare i vari punti, ovviamente facendo ben attenzione a non dimenticare nulla. Per alimentazione positiva e GND non è necessario creare piste specifiche viste le basse correnti in gioco.