Contador de pulsos, tiempo y EEPROM -error-

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no, necesariamente.
Puedes usar get y put en todos los casos.
Puedes hacerlo asi tmb.

if (option == 'r')     {
      Serial.println("resetear memoria");
      duracion_acumulada0 = 0;
      EEPROM.put(eeAddress0, duracion_acumulada0);
      numpulsos0 = 0;
      EEPROM.put(eeAddress4, numpulsos0);
      delay(5000);
      Serial.println("memoria borrada");
    }