Puedes hacer este proyecto con un arduino y dos termistores de 10K conectados a las entradas analógicas.
Solo tienes que escribir un programa básico para poner en marcha el ventilador.
Aquí puedes encontrar el circuito:
http://playground.arduino.cc/ComponentLib/Thermistor
#define FAN 0
#define DIFERENCIA 100 (por ejemplo, tienes que encontrar la diferencia que quieres)
pinMode (FAN, OUTPUT);
int s1 = analogRead(0); //En el techo
int s2 = analogRead(1); //En el suelo
Acuerdate que el minimo sera 0 y el maximo 1024
if(s1 > s2 + DIFERENCIA)
digitalWrite(FAN, 1);
else
digitalWrite(FAN, 0);
Mi consejo es que además incluyes un factor de histéresis asi no tienes que preocuparte con comprobaciones de la diferencia, y siempre se pone en marcha cuando la diferencia supera la temperatura + el valor de histéresis.