controlar motor pap con un unico fotosensor

Estoy en un proyecto donde calibro las vueltas que puede dar un motor paso a paso, poniendo la posicion cero manualmente y luego girando vueltas completas el motor e incrementando un contador. Tambien guardo durante la calibracion el numero de pasos que da en ese numero de vueltas.
Con esto grabado en eprom ya tengo calibrado el motor para su uso.

Durante el funcionamiento del programa el motor se puede mover libremente, adelante y atras dentro de este rango de vueltas, es decir al llegar a la vuelta 0 debe de dejar de poder moverse en ese sentido y al llegar a la vuelta maxima establecidad durante la calibracion debe de dejar de poder moverse en ese otro sentido.

El problema me viene cuando durante el movimiento del motor interesa que se posicione en la zona donde esta el fotosensor cuenta vueltas, ahi se me vuelve loco, porque entra y sale del influjo del fotosensor y el contador de vueltas cuando debe de restar una vuelta resta 2 o 3 y si es en el otro sentido ocurre lo mismo.

Como podria controlar este conteo erratico?

Tengo que decir que el control del fotosensor lo hago mediente interrupcion, en esta activo un flag de presencia que es el que luego controlo durante el programa.

Que fotosensor estas usando?

Si no posteas el sketch que usas y algun esquema de conexiones y dispositivos que usas,¿como crees que alguien pueda saber que esta pasando?