Saludos.
Soy nuevo por aqui y estoy revisando de todo para aprender. yo he comenzado con una placa Arduino MEGA 2560.
Ahora lo que estas haciendo para controlar los motores es usando un PWM en los pines 1,2,3 y 4 pero en el MEGA los pines PWM son del 2 al 13 y del 44 al 46. Debes revisar eso y cambiar los pines usados. Pero como no he usado la librería AFMotor.h no podría decirte mas.