Intanto puoi usare tranquillamente un pin digitale visto che misuri 0 o 5V, il diodo non protegge il relè ma l'eventuale transistor che lo pilota, quindi nel tuo caso non serve a nulla; il condensatore serve se l'alimentatore a 12 è un cesso 
ma tieni in conto che ti ritarda di qualche istante l'apertura del relè, quando va via la corrente.
Sul pin di Arduino dei mettere una pull-down, cioè ua R da 10K dal pin verso GND, altrimenti quanco il relè si apre il pin potrebbe risultare "appeso" e non iuscire a capire che non c'è più l'HIGH.