domanda come faccio a sapere quali uscite sono attive, nell'istante in qui lo chiedo???
spiegando meglio, ho un arduino comandato da una pagina php, io gli invio 1, e lui di conseguenza fa x (e continua all'infinito a fare x se non gli invio 2 e lo fermo) chiudo la pagina, e la riapro, come faccio ad avere una risposta che mi dica, che non posso inviare 1 perché è già in esecuzione 1 ????
Usa delle variabili di stato (o dei flag in formato di bit all'interno di variabili). Imposti ad 1 la variabile (o il singolo bit) corrispondente al processo in esecuzione al momento del lancio. Successivamente non devi far altro che controllare se il processo è in esecuzione guardando lo stato del processo stesso nella variabile correlata.
Esposizione della domanda agghiacciante 
Non si capisce se il php invia il comando alla cieca senza risposta, è una risposta da arduino che vuoi?
Non hai specificato se arduino sta funzionando da server o da client.
Il php fa delle richieste get o post? con quale istruzione php chiedi ad arduino.
Arduino deve leggere i suoi IN o OUTPUT con digitalread e spedirli al PHP puoi farlo una volta sola in risposta alla richiesta o costantemente facendo una connessione persistente. Il php chiede ogni 500ms lo status delle porte le riceve in risposta e le visualizza magari con delle icone verdi o rosse
me se arduino continua ad inviare x, non puoi leggere x?
comunuqe puoi fare una cosa del tipo domanda-risposta tra pagina web ed arduino, se arduino è "occupato" printa 1 sulla pagina o negli header e da quello lo leggi in php con un file_get_contents banalissimo per la pagina o un get_headers con qualche explode se vuoi inviare il tutto negli header