Colleghi esattamente il tuo USBtinyISP come già fai per caricare il bootloader, dopo di che dal IDE, invece di usare il solito bottone per caricare il programma (la freccetta verso destra), usi da menu:
Sketch -> Upload Using Programmer 
Ovviamente, nel menu Tools -> Programmer devi aver selezionato il tuo programmatore 
Guglielmo