SpaghettiCode:
Erst mal die Frage: Sind die DigitalPins beim Arduino Nano intern hardwaremäßig alle gleichwertig verschaltet, oder sind die evtl. gruppiert. Aus dem Datenblatt werde ich nicht schlau, evtl. hat jemand einen Hinweis auf die richtige Sektion.
Ich schaue in den Schaltplan, wo D13/SCK mit PB5/SCK des ATmega328 verbunden ist. PB5 = Port B Bit 5 wobei ein Port eine Gruppierung darstellt. Außerdem sehe ich noch Port C und D.
Diese Gruppierung dürfte aber mit Deinem Problem nichts zu tun haben.
Dafür sehe ich von D13/SCK einen 330R-Widerstand über eine LED an GND. Hier findest Du den Grund für die Abweichung. Lösung: anderen Pin nutzen oder LED auslöten.