Come ti ha detto giustamente PaoloP, non puoi usare un RTC per leggere i millisecondi ...
... usi l'RTC per correggere eventualmente un tuo orologio software, ma i conteggi li devi fare usando la millis() di sistema.
Come spunto prova a guardare la libreria Time ... e vedi come ti può essere utile.
Guglielmo