.... dato che NON hai problemi di risparmio energetico, senza complicarti la vita, va bene la soluzione di un while() che aspetta che un flag diventi FALSE per uscire.
Quindi, metti la flag a TRUE prima di entrare nel while( tuaFlag ) e la ISR metterà la flag a FALSE, facendo si che si esca dal while.
Mi raccomando, la flag va dichiarata 'volatile' o non funziona ... 
Guglielmo