Hola
si el AVRUDE permite cargar los hex al micro atmega ,pero tendras que tener en cuenta lo del bootloader,
si no le configuras bien te sobreescribira todo el micro incluido el bootloader y luego si lo vas a usar
con el ide de arduino, tendras que volvelo a cargar el boot primero y luego los programas de arduino.
ya nos contaras.
Un saludo.