Ciao e grazie della risposta,
Scopiazzando da esempi in rete ho scritto questo codice che decodifica la stringa e mi restituisce le due variabili che mi servono, funzionare funziona , il problema è la lentezza , teoricamente dovrei ricevere due dati al secondo ma in realtà ne decodifico uno ogni due secondi circa 
Secondo voi si puo' ottimizzare ?
#include <string.h>
#include <stdio.h>
#include <avr\io.h>
#include <avr\interrupt.h>
#include <Wire.h>
#define DIM 20
#define DIM2 80
#define DIM3 15
struct tokens {
byte char_index;
char array[DIM2];
char *token[DIM3];
} Sonar_tokens;
float Depth, Temp;
void setup()
{
Serial.begin(4800);
}
void loop() {
read_Sonar();
}
void read_Sonar() {
while (Serial.available()>0) {
if (read_tokens(Serial.read(), &Sonar_tokens)) {
if (!strcmp(Sonar_tokens.token[1],"$SDDPT")) Depth = atof(Sonar_tokens.token[2]); Serial.println((int)(Depth*100));
if (!strcmp(Sonar_tokens.token[1],"$SDMTW")) Temp = atof(Sonar_tokens.token[2]); Serial.println((int)(Temp*100));
}
}
}
int read_tokens (char character, struct tokens *buffer) {
char i, *p, *token;
if (character == '\r') {
buffer->array[buffer->char_index] = 0;
buffer->char_index = 0;
if (!checksum(buffer->array)) return 0;
p = buffer->array;
i = 0;
while (token = strtok_r(p, ",", &p)) buffer->token[++i] = token;
return i;
}
if (character == '\n') {
buffer->char_index = 0;
return 0;
}
buffer->array[buffer->char_index] = character;
if (buffer->char_index < DIM2) (buffer->char_index)++;
return 0;
}
int checksum(char *str) {
int j, len, xor1, xor2;
len = strlen(str);
if (str[0] != '
) return 0;
if (str[len-3] != '') return 0;
xor1 = 16hex2int(str[len-2]) + hex2int(str[len-1]);
xor2 = 0;
for (j=1;j<len-3;j++) xor2 = xor2 ^ str[j];
if (xor1 != xor2) return 0;
return 1;
}
int hex2int(char a) {
if (a>='A' && a<='F') return 10+(a-'A');
if (a>='a' && a<='f') return 10+(a-'a');
if (a>='0' && a<='9') return a-'0';
return 0;
}