Le compteur du timer ne s'arrète jamais une fois lancé parce que c'est de l'électronique spécialisée et indépendante à l'intérieur de la puce.
Par contre la lecture et le traitement de ce compteur sont bloqués par un delay().
A mon avis le résultat va dépendre de la longueur du delay().
Si le compteur du timer n'a pas débordé millis() devrait retomber sur ses pieds, dans le cas contraire c'est impossible.