Wenn Du auf dem Digistump code laufen lässt, mit dem Du auf der seriellen lauscht, kannst Du auf der virtuellen com-Schnittstelle einen "Befehl" senden, der dann auf dem digistump ausgewertet wird.
Problem ist, das der digi nicht immer unbedingt den selben COM-Port bekommt. Das hatte ich mal gelöst, indem ich pid und vid aus der Registry abfrage.
Los gehts ab hier: Arduino Burn Batch (*.bat zur Portsuche) - #7 by my_xy_projekt