dividere in 2 parti il numero 99999 e regolare 3 cifre, poi 2 cifre per volta

scusa questa variabile k dove va a finire in seriale?

if (pin 1 == HIGH ) millimetri = AnalogRead (A0) *100 // tengo premuto il pulsante 1 e col pot. metto 123
if (pin 2 == HIGH ) centesimi =AnalogRead (A0) //tengo premuto il pulsante 2 e col pot. metto 45
K = millimetri + centesimi;

in effetti perchè non usi un solo giro come ti è stato suggerito sopra, comunque occhio che se la somma supera i 65000 ed è un INT si schianta il prog dovrai usare un long

ciao