Hallo. Ich arbeite gerade an DIY Biologie Equipment und hatte gerade die ÜBerlegung einen Alten Scanner zur DNA Squenzierung zu nutzen.
Was müsste dieser tun? Dieser würde an einem Plastikrohr entlangfahren. Dabei sendet auf der Gegenüberliegenden seite ein Laser eine Strahl durch der auf der anderen Seite detektiert wird. Zuvor wurde eine Gelelectrophorese gemacht und die Entsprechend Stoffe mit Fluroszierenden Stoffen gemischt.
Am ende sollte dieser dann z.b solche Muster rausbekommen: Rot,Rot,gelb,rot,braun,grün,grün,rot,gelb etc..
Ja die Frage ist ob ich überhaupt den Sensor nutzen kann dafür oder ober der völlig falsch ist. Hab leider keine Ahnung was das für einner ist. Weiß nur das er aus dem Scanner Kopf stammt.
Desweiteren habe ich keine Ahnung wie man so etwas ansteuert?
Haha hier jemand zu finden der mit DNS Sequenzierung Erfahrung hat?
Ich glaube das zu programmieren wird das allerkleinste Problem sein.
Ich weis auch gar nicht wie man sich das vorstellen muss, DNS ist ja bekanntermasen extrem klein, die einzelnen Basenpare liegen also irgendwo im Nanometerbereich aneinander. Dazu braucht man Mikroskoptechnik vom feinsten, nur um in diese Größenordnungen vorzustoßen.
Wahrscheinlich kann man auch nicht irgend einen beliebigen Laser zur Anregung nehmen, das in Verbindung mit minimalsten Strukturen - ganz viel Spass. Um den Strahl so zu fokusieren brauchst du ne maßgeschneiderte Optik. Und dass dir Proben dadurch sofort verbrennen ist auch klar wenn sich soviel Energie auf einen winzigen Punkt konzentriert.
Und dann kommst du mit deiner "Schrott-Diodenzeile" lol
Losspost:
Desweiteren habe ich keine Ahnung wie man so etwas ansteuert?
Wie Du an den bisherigen Antworten siehst, hängt die Latte wohl einiges über dem, was Du Dir vorstellst. Wenn Du Dich mit dem Arduino beschäftigen möchtest, um irgendwann etwas Richtiges damit anzufangen, solltest Du wenigstens mit ein paar Monaten Kennenlernerei rechnen. Eher Jahre. Ob (und wie) (un-)realisierbar Deine Idee ist, wirst Du dann sicher selbst merken
Der Schlüssel zur Lösung dürfte im Wort "Gelelectrophorese" enthalten sein. Wenn ich Bilder zu diesem Thema sehe, so sind da doch A5 bis A4 große Apparaturen zu sehen. Da paßt der Sensor zumindest von der Größe schon irgendwie dazu.
Die Frage teilt sich also in mindestens drei Teilfragen:
Wie wird der Sensor des Scanners angesteuert?
Wie können Daten des Sensors mittels Arduino verarbeitet werden?
Was sieht der Sensor von der Gelelectrophorese?
Meine Beteiligung wäre allerhöchstens bei Teilfrage 2 möglich.
Stop.
Ist das Projekt jetzt etwas was Du dir so selbst erdacht hast oder von einer Quelle nachbauen willst?
Meines Wissens wird die DNA Sequenzierung nicht mit einer Gelelektroforese gemacht sondern mit einer Kapillarelektroforese. Das Lesen des Signals erfolgt immer unter einem 90° Winkel zwischen Beleuchtung und Detektor. und mit Sperrfilter für die Beleuchtungsfarbe und Filter für die Farbstofffarben.
Darum geht das nicht mit durchleuchten des Gels und auch nicht mit dem gezeigten CCD-Sensor da dieser nur die Helligkeiten mißt und nicht die Farben. Die Beleuchtung in verschiedenen Farben ergibt in Scanner einen Farbscan. Du müßtest vor dem Sensor eine Filterrad mit verschiedenen Filtern rotieren lassen und so die Farben lesen.
Gelelektroforesen aber nicht für DNA sondern PLA werden mittels einer Videokamera und UV- Beleuchtung gemacht.
Das sinnvollste wäre bestimmt die Bilddaten vom Sensor von der originalen Scannerelektronik und Treiber auf den Pc einzulesen. Den Antrieb des Scanners müsste man stilllegen. Der Arduino könnte der Scannerelektronik vorgaukeln, dass der Scannerschlitten sich ordnungsgemäß bewegt.
