sgress:
quando provai a programmarlo la cosa ando a buon fine utilizzando arduino come programmatore, pero è stressante collegare ogni volta i pin quindi mi piacerebbe collegarlo direttamente dalla sua port usb.
... ecco spiegato l'arcano .. se lo hai programmato con il programmatore (programmazione ISP) hai bello che cancellato il bootloader 
Dovresti vedere se riesci a ricaricarcelo, sempre usando il programmatore (IDE -> Tools -> Burn Bootloader)
Guglielmo