Hallo,
hat deiner eine Rastfunktion oder merkt man da nichts? Meine Alps rasten ja ein und klicken/ratzen leicht beim drehen. Bedingt durch die mechanischen Schalter. Deine müsste widerstandslos drehbar sein? 
Zum Problem. Wenn du schnell drehst macht dir dein delay vom LED Blitz einen Strich durch die Rechnung. Während des delays bleibt die loop stehen und kann zum Bsp. die Encodereingänge nicht einlesen. Die LED Blitze musste mit millis() machen. Jedes delay ist untersagt. Alles was irgendwie warten soll oder verzögert werden muss mit millis behandelt. Eine kleines Bsp. siehste schon im Aufruf der seriellen Monitor Funktion.
Nimm das delay erstmal von 20 auf 1 runter. Dann siehste schon was abgeht.
Grundlagen:
Theseus erklärt millis()
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=400102.msg2752141#msg2752141
GuntherB - BlinkwithoutDelay - Die Nachtwächtererklärung
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=423688.0