Attento che nessuno ti obbliga ad usare la SPI ... gli APA102 si controllano tranquillamente con dei semplici digitalWrite() su due pin qualsiasi, uno su cui si inviano i vari bit dei dati ed uno su cui si fa la transazione del clock ... praticamente una SPI fatta in bit banging. In questo modo, puoi decidere tu le tempestiche e fare in modo che la lettura del pin di dati avvenga quando esso è sicuramente stabile, aspettando un po' prima di effettuare la transazione sul pin clock ... ovviamente a scapito della velocità di aggiornamento 
Guglielmo