Duda con Timer 0, Timer 1, Timer 2, (PWM) [Solucionado]

Buenas
Tengo una pregunta respecto a mi placa Arduino UNO.

Estoy intentando generar una frecuencia de 40KHz con el PWM, y en la documentación encontré que es posible llegar a esos valores modificando los Timer del ATMega. Los modifiqué, pero en este momento no tengo como comprobar la frecuencia a la que trabajan.

Lo que me interesa saber es: ¿Cuando modifico los valores de esos registros, se quedan establecidos en esos valores hasta que los vuelva a cambiar manualmente, o cuando cargue un nuevo programa (sin el código que modifica los timer, obviamente) regresan a su configuración original?

De antemano gracias

[Solucionado]
Los Timer siempre vuelven a su configuración original

Gracias chiva.

Siempre vuelven a sus valores por defecto