duda en uso de datos seriales para hacer reloj

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Hola,
yo empezaría por distribuir tu proyecto en tareas concretas, y practicar con un sketch para cada una de ellas:

  1. enviar cadena por puerto serie. Busca en la documentación de Arduino: los caracteres se mandan uno a uno, si la cadena tiene una marca de inicio y otra de final, no tienes mayor problema. Haz un sketch que simplemente haga eso.

  2. parsear la cadena: extraer HH MM y SS a otras tres cadenas. Practica con un sketh definiendo char cadena = ">QGQ150312150526-346<" ;

  3. mostrar por LCD las tres cadenas de horas, minutos y segundos.