Aquí me has pillado... 
Si los componentes son "through hole" entonces tienes pads tanto en la cara superior como inferiror. Si son SMD, sólo tendrás pads en la cara donde pongas el componente. La serigrafía en SMD te la pone en la misma capa que el componente mientras que en through hole, te la pone en la inversa que es donde va a ir montado el componente.
Nunca pongas la serigrafía sobre un PAD.
Sobre la charla de diseño de alta velocidad, efectivamente, las vías deben ir lo más próximas al PAD posible para evitar ruidos. El caso es que las vías se comportan como pequeñas inductancias.
De todas formas, una fuente de alimentación difícilmente se puede considerar un diseño de alta velocidad. Digamos que las cosas se empizan a poner muy interesantes a partir de los 80MHz. A esas frecuencias, las pérdidas de conmutación serían muy altas para una fuente conmutada.