Dann muss auf jeden Fall auch das detachInterrupt raus.
Über Serial sollte sowieso nicht mehr laufen, als man lesen kann. Das dauert dann keine Zeit und so verliert man auch pulsmäßig nichts.
Das geht übrigens nur auf "richtigen" Arduinos (atmega328 basierend), wenn ich schon mal am Meckern bin.
Natürlich. Während der Übertragens (Hochladen) läuft kein Sketch, da gibt's auch nichts zu debuggen oder (in der nächsten Ausbaustufe) andere Sollwerte per SerialMonitor vorzugeben.
Das SerialMonitor-Fenster pausiert übrigens, wenn offen, während das Hochladens, und läuft danach gleich weiter.