mmoscz:
Como disse o bubulindo você pode também programar em ASM com os microcontroladores da Atmel, mas ela fornece um compilador de linguagem C que é usada pela IDE.
A Atmel só passou a fornecer o compilador nas duas últimas versões do AVRStudio. O WinAVR nem tão pouco era publicitado pela ATMEL, mas vendo que foi esse compilador que deu popularidade aos AVR face aos PICs, passaram a incorporá-lo na sua IDE.
mmoscz:
Como em todos os sistemas normalmente se programa em ASM para "tirar todo o suco da laranja", que seria tirar o máximo da performance e recursos do equipamento.
Mas para isso tens de saber bem mais que a linguagem do Arduino ou até C.