Ola Allan,
Normalmente se voce usa Arduino como plataforma de desenvolvimento e se o seu projeto acaba virando um produto final, voce utiliza os mesmo componentes, ou mto similares no projeto final. Caso voce decida mudar para outra plataforma, por examplo ARM, o ideal seria refazer seu prototipo em uma placa de desenvolvimento ARM (exemplo STM32 Nucleo Boards) para evitar surpresas.
Se o seu projeto esta funcionando como esperado e o custo/dispinibilidade no mercado para o MCU e outros componentes (Regulator, Oscillator, Conectores, etc) que voce esta usando sao OKs, voce entao tem que fazer um prototipo de todo o circuito. Para desenhar circuito existem algumas ferramentas gratuitas como o Eagle e Design Spark. Ferramentas profissionais como Altium tambem existem mas o custo de licenca pode ser meio alto.
Desenhar um circuito pela primeira vez pode levar tempo, principalmente ate voce montar a "biblioteca" de componentes com o esquema de cada parte e os "footprints".
Como base voce devera utilizar os schematics da placa de desenvolvimento que voce usou no seu prototipo, juntamente com informacoes/datasheet to MCU e outros componentes que ira utilizar. Nao esqueca de colocar PPs ou "programing pads", para voce poder gravar seu software no micro-controlador.
Para gravar seu software, dependendo da quantidade que ira produzir voce pode utilizar um computador e um ISP (se estiver utilizando Arduino). Se for uma quantidade muito grande de placas, voce pode montar uma outra placa para funcionar como "programador", normalmente voce nao faz apenas uma placa, mas um "painel" de placas e programa todo o painel ao mesmo tempo.
Outra questao importante eh pensar em testes automatizados, que pode ser feito com a mesma placa que ira programar. Por examplo, medindo a voltagem em um ponto especifico ou enviando uma "comando" e esperando uma "responta".
Agora se voce quer produzir nao mais do que 100 unidades o melhor e mais barato talvez seja fazer tudo manualmente mesmo, Apenas deixe os "programming pads" disponiveis e apos soldar os componentes programe e teste uma a uma. Dependendo do numero de componentes montar as placas a mao tb pode sair mais barato do que utilizar servicos de PCBA (PCB Assembly).
Se voce nunca desenhou uma placa de circuito antes, nao se preocupe muito com os detalhes na primeira versao, tente tambem nao ficar mto restrito a dimensoes. Apenas tenha certeza que voce tem um "pad" para acessar cada pino do MCU e na proxima versao voce otimiza isso. Da mesma forma, nao tente acertar e produzir 1.000 ou 10.000 placas de primeira pois existe uma grande change se voce jogar tudo no lixo 
Para pequenas quantidades ja utilizei o servico da "PCBWay" e "Smart-Prototyping" e ambos oferecem excelente custo/beneficio. Para producoes mais serias tive boa experiencia com OurPCB que oferece incrivel qualidade a um pequeno custo aditional.
Seque um link the um video interessante sobre dicas para desenhar placas de circuito para producao: EEVblog #127 - PCB Design For Manufacture Tutorial - Part 1 - YouTube