2 Millisekundn kommen von:
digitalWrite(stepperPin, HIGH);
delayMicroseconds(1000);
digitalWrite(stepperPin, LOW);
delayMicroseconds(1000);
Du setzt den Ausgang High, wartest 1milliSekunde, setzt den Ausgang LOW und wartest nochmal 1 milliSekunde. Das sind dann 2 milliSekunden pro for-Schleifendurchgang.
Das Rechteckignal kommt vom wiederholten HIGH-LOW-setzen des Ausgangs. Hat nichts mit PWM zu tun.

Grüße Uwe