Und so würde ich es mir vorstellen, wenn man die Startzeit noch mit ein bezieht.
void setup() {
}
void loop()
{
unigned long StartTime = millis() + 5000; // oder 360 oder was auch immer
while(millis() <= StartTime){
// ---- hier deine Startsequnez
}
while(1){
// Hier der Rest
}
}