Ejecutar salidas y PWM simultáneamente

Buenas tardes,
He realizado un programa con el comando while que incrementa la variable un segundo para crear un temporizador que por comparación me enciende unas salidas y que con otro while hago lo contrario y me las apaga por comparación. El problema lo tengo cuando quiero activar la salida PWM que hasta que no termina de ejecutarse no continúa el programa y no se ejecutan las salidas con los tiempos que yo quiero. ¿Como lo puedo resolver?

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