Grazie Khriss e Guglielmo. Devo dire che avevo letto anch'io la cosa , ma implementandola avevo avuto dei comportamenti strani, credo proprio quelli a cui si riferisce Guglielmo. Ora provo a riscriverlo con questa lettura per svuotare il buffer
byte a;
while (Serial.available()) {
a=Serial.read();
delay(1)
}
UPDATE: con il delay suggerito da Guglielmo tutto funziona senza andare ad accendere e spegnere quella povera seriale, a volte basta proprio un dettaglio per fare la differenza 