Io sono un ciufolotto con la programmazione, ma non basterebbe inserire nel codice una cosa del tipo: se il led è acceso e se ricevi dati via seriale allora non fare nulla. Oppure, se il led è acceso ed arriva il dato "A" via seriale fregatene...
Insomma, anziché disabilitare la seriale, semplicemente non la ascolti, non prendi in considerazione gli "A" ma magari i "B" in modo da poter accendere un altro led...