cyclone:
dubito fortemente che riuscirai a leggere la sequenza in quadratura con il solo arduino alla max velocità.
la famiglia HEDS5xxx sono encoder con risoluzione molto elevata e in base alla sigla si può arrivare fino a 1024 CPR.anche gestendo bene i segnali A e B utilizzando gli interrupt potrai stare dietro alla lettura solo se farai andare il motore molto ma molto lentamente.
per migliorare un pò la funzione di intercettazione e conteggio degli impulsi dovresti scrivere la routine in assembly (codice macchina).
Non è vero, per un'applicazione che ho sviluppato a lavoro sono riuscito a leggere un encoder in quadratura da 500 imp/giro a circa 25rpm dell'albero, quindi ad una frequenza di 12KHz per canale. Ovviamente c'è da scordarsi le digitalRead nel gestore di interrupt, troppo lente.
Inoltre, rispondendo ad un post successivo, i micromotors li utilizziamo anche a lavoro e sono con due fasi, non con una. Non so se quel micromotors che max ha acquistato ha solo una fase... Ad ogni modo considera che sono motoriduttori, quindi anche se hanno solo 3 imp/giro ma se hanno un rapporto di riduzione di 100 diventano 300 imp/giro sull'albero lento... 
Non so che rapporto di riduzione ha acquistato...