Gli encoder ovviamente si possono usare in sostituzione di potenziometri, ma ovviamente dato che hanno un certo numero di "click" per giro, non hanno la precisione di un potenziometro, a meno di non fare una demoltiplica opportuna del numero di "click".
Ma tu hai mai usato in precedenza gli encoder rotativi? Hai provato uno sketch degli esempi per capire come funziona? E come lo hai implementato nel tuo programma? Facci vedere il tuo codice, e poi possiamo dirti qualcosa.