hai messo una pull down, forse esageratamente grande ma va benissimo così. il problema è se per errore leggi il pin VICINO a quello dell'encoder
dai, appena puoi fa questo test sul numero di interrupt al seocndo, e magari già che ci sei fai pure il controllo della DURATA del segnale, ed infine quella della lettura analogica. Così non ci sfugge nulla muaahhahaha 