Hola, trata lo siguiente. No utilices los pines 0 y 1 del arduino. Utiliza la alimentación de 5V y dos pines digitales para emular un puerto serial, esto es así por que sí estas alimentado al arduino con el usb, utiliza ese puerto como el serial de los pines digitales 0 y 1 y por tal razón no se comunica con el modulo HC-06. Yo sí me pude comunicar con el modulo y fue de la siguiente manera:
Alimenté el modulo HC-06 con 5V y para el puerto serial utilicé los pines 10 y 9 como RX y TX. El codigo que utilicé para la configuración fue el siguiente (mi arduino es un arduino uno y el modulo BT es http://www.amazon.com/gp/product/B00GAXG9A6/ref=oh_details_o00_s00_i01?ie=UTF8&psc=1 ):
#include <SoftwareSerial.h>
SoftwareSerial mySerial(10, 9); // RX, TX
String command ="";
void setup()
{
//open serial communications and wait for port to open
Serial.begin(9600);
Serial.println("Type AT commands:");
// softwareserial "com port" data rate JY-MCU defaults to 9600
mySerial.begin(9600);
}
void loop()
{
//read device output if available.
if (mySerial.available()) {
while(mySerial.available()) { //while there is more to be read, keep reading.
command += (char)mySerial.read();
}
Serial.println(command);
command = ""; // no repeats
}
//read user input if available.
if (Serial.available()) {
delay(10);
mySerial.write(Serial.read());
}
}