A ver: los pines 0 y 1 son la interfaz uart del arduino (es decir por donde lo programa el atmega 16u2 cuando lo conectas al ordenador), esto significa que si ese bus esta ocupado no vas a poder programar el arduino, la forma de solucionarlo es utilizar otros dos pines cualesquiera que no sean el 0 ni el 1, pues si hay algo conectado ahi no vas a poder programar el arduino por usb. (Ojo que si quieres puedes programarlo por bluetooth y para eso si habria que conectarlo a esos pines).
Espero que te sirva de ayuda.