Se hai qualcosa attaccato ai pin D0 e D1 la programmazione viene disturbata. Quei pin sono quelli della seriale, dei segnali presenti lì sopra disturbano durante la comunicazione tra PC e Arduino. Il consiglio è sempre quello di usare quei 2 pin per ultimi, se servono altri pin digitali puoi usare anche quelli analogici numerandoli come 14..19.
Ma se proprio usi D0 e D1, devi staccare quello che è collegato quando spedisci uno sketch.