Risolto! Dovevo creare i file di header usando i template di Eclipse che inserisce in automatico:
/*
* Prova.h
*
* Created on: 26 ott 2017
* Author: The Dragonlord
*/
#ifndef PROVA_H_
#define PROVA_H_
#endif /* PROVA_H_ */
dove Prova.h è l'header appena creato...