Martinix:
non vorrei fosse qualche problema sui toolkit di linux
Da quel che hai detto, sicuramente è la toolchain Gnu che è nei tuoi repo. Difatti la 1.0.1 scaricata dal sito di Arduino ti funziona perché contiene una toolchain patchata con le patch Atmel ma quella "vanilla" rilasciata da Gnu non funziona.
Hai 2 alternative: o ti tieni la toolchain di Arduno oppure provi a installare sul tuo sistema l'ultima toolchain patchata Atmel.
applica poi i file modificati che trovi qui: