Se è così prioritaria devi eseguirla NELLA ISR, che però è meglio che sia il più breve possibile, come già saprai. Per cui, se è lunghetta, non ti resta che fare come suggerisce ete, eventualmente organizzando le altre cose che fai nel loop() in brevi operazioni, controllando tra l'una e l'altra se è scattata la ISR, in mondo da reagire il più in fretta possibile.