Avendo a disposizione l'HEX, esiste un sistema per installarlo su Arduino (sui soliti TX-RX) senza dover aprire il pesante IDE x.x?
Insomma, una sorta di utility tipo la GUI di un Bootloader...
Allora... comincio a rispondermi da solo...
Mala parata uso AVRdude da riga di comando con la sintssi seguente:
avrdude -p m168 -b 19200 -c stk500 -P /dev/cu.usbserial-A4000QpS -e -U flash:w:/tmp/file.hex
Dove -P è la COM della seriale CDC.
Se c'è qualche finestrella windows da GUI, sono più contento...
Mi auto-rispondo definitivamente: trovato...
Per chi ne fosse aBBisognevole: http://xloader.russemotto.com/
Si può chiudere...
Ci sono varie GUI per avrdude.
Se cerci avrdudegui su Google escono un bel po' di risultati.
Poi mi pare ce ne fosse una sviluppata da un utente del forum.
BaBBuino:
http://xloader.russemotto.com/
Ma è proprio minimale. 
PaoloP:
Ma è proprio minimale.
Pensata per utenti Arduino, puoi aggiungere altri processori modificando il file di configurazione.
Manfatti mi serviva una cosa minimale, portatile.
Devo darla ad un tecnico(?) che deve aggiornare un aggeggio arduinico montato su un macchinario industriale.
Se gli dò il sorgente con l'DE deve fare troppe operazioni, e ho paura che il loro pseudo-tecnico-elettricista-pneumatico-idraulico mi faccia danni. Così gli spedisco l'HEX e se lo programma con un solo tasto di update.