ESP8266-01 Programado como sebserver no acepta comandos AT.

Decir que tengo un esp8266-01 y que he estado trasteando con el sin problema alguno. Ahora esta con el programa ejemplo que trae la librería donde hace de webserver conectándose a la wifi. El problema que esto es que no responde a ningún comando at. Si lo programo con otro ejemplo, también me lo permite, pero no me contesta a ningún comando AT ni se deja flashear de nuevo el firmware.

La configuración que tengo es la siguiente :

Vcc -- fuente esterma de 3.3V.
GND - GND
Tx - Rx del puerto serie
Rx - Tx del puerto serie.
CH_PD - 3.3 V
RST - probe a 1 y también sin conectar.

También probe poniendo GPIO a Vcc con resistencias.

Mi duda es si al poner el esp8266 como servidor web queda inhabilitados los datos a través del puerto serial.

Alguna idea de lo que me puede estar pasando?