ESP8266 o ESP8266-12 Cambio SSID y envio de variables

Muy buenas tardes, estoy usando el modulo ESP8266 para enviar datos por vía WiFi pero al querer adaptar el proyecto a una forma mas fácil de usar se me ocurrió crear una pequeña interfaz web para cambiar desde ahí el SSID y Password del modulo del esp8266 pero al hacer eso este modulo no se puede conectar al arduino mas que de forma directa (TX-TX, RX-RX) y se tiene que grabar desde el IDE de arduino usando la placa ESP8266, es decir: o cambio el SSID o envió los datos y cada vez que quiera modificar el SSID tendré que entrar al código de arduino.

Alguien sabe si el ESP8266-12 Se puede usar para ambas cosas usando los dos puertos UART que contienen? RX0 y TX0 , RX2 y TX2
Para así tener otra interfaz con el arduino donde se puedan transmitir esos datos.