Non credo che tu possa avere sovrascritto il bootloader, non so nemmeno se ci sia e se sia modificabile! Se vuoi usarlo come "modem" per Arduino devi assolutamente rimetterci il firmware AT, basta un adattatore seriale/USB.
Ma se non hai bisogno di troppi pin puoi usarlo anche in standalone, funziona molto bene.
Continuo a non capire a che serve la parte client. Non puoi far sì che sia "la pagina web" a collegarsi ad Arduino per estrarre i dati? Comunque, se lo devi fare una volta ogni tanto non dovrebbe essere un grosso problema, tieni solo presente che in quell'attimo le connessioni in entrata dovranno aspettare.