Perdona Cheyenne, un domingo un poco ajetreado y no he podido mirar tu esquemático. A ver si lo miro y te comento.
Simplemente y para abrir boca: no es buena idea alimentar el transmisor de radio directamente desde las baterías. Esa linea alimentando a los motores va a tener más ruido que la moto de un hippie. Te aconsejaría que lo pusieses detrás de un regulador y que tenga su propio plano de tierra unido al punto estrella de la placa.
La alimentación de los servos, supongo que la estarás sacando directamente del receptor. Pon a cada uno un desacoplo, no le vendrá mal y tampoco le hará daño.
Por otro lado he visto que alimentas la placa con el AVR usando Vcc directamente. El tema es que la alimentación no va a pasar por el lineal que tiene la placa.